一、包装印刷环节：
农作物种子二维码溯源系统自动生成唯一性二维码，既保证批次内的唯一性，又保证企业内的唯一性、大数据平台内的唯一性。
农作物种子二维码溯源系统可根据编码规则自动批量生成二维码，生成二维码时，只需要输入需要生成二维码的数量，软件即可自动生成连续编号的二维码。种子生产企业可为印刷企业提供二维码生成规则或直接将生成的二维码提供给印刷企业印制包装袋。如数量较小，也可用喷码机将生成的唯一二维码喷于包装袋上，但成本较高不建议中小企业使用。
二、生产环节：
种子包装前，首先将要包装生产的种子的相关信息输入二维码溯源系统，如品种名称、生产经营者名称或进口商名称、单元识别代码、追溯网址、产地、生产批次等法律法规规定需要追溯的信息。
包装生产封口后，由扫码枪扫描或手工输入第一个小袋包装的二维码，然后输入连续的二维码的数量，剔除连续号段中不使用的个别二维码，扫描或输入新增其他不连续的二维码，将小包打包为大包后，扫描大包的二维码，将此大包的二维码和所有的小包的二维码关联，选择种子品种、批次，将种子追溯信息和此大包关联。
包装完毕后，将生产批次信息及包装二维码信息同步到二维码溯源系统，供下级经营者、执法者、种子使用者追溯查询使用。
三、流通环节：
流通前，生产或经销企业要在系统中将直接下级的信息录入，出库时，每个大包装袋或拆包后的小包装袋必须指定销售去向。最后一级直接面向农户或合作社，每级经销商完成入库出库直至销售给农民，所有流通环节将录入二维码溯源系统，防止假货、窜货。
四、追溯环节：
此环节中，所有生产及流通过程信息已同步到二维码溯源系统。消费者、执法者、经营者均可通过手机扫描二维码了解种子生产、流通的过程。
